(一)办公室。负责文电、会务、机要、保密、档案、信访、值班、安全等局机关日常运转工作,承担政府信息和政务公开、建议提案办理、综合性文稿起草等工作。承担新闻宣传、信息发布、应急和舆情监测处置工作。承担药品、医疗器械和化妆品等重大事故调查处理的协调工作。承担全省药品、医疗器械和化妆品安全统计工作。
(二)政策法规处。负责起草药品、医疗器械和化妆品监督管理方面相关地方性法规、政府规章草案,拟订全省药品、医疗器械和化妆品监督管理政策。承担局机关规范性文件的合法性审查。承担行政复议、行政应诉相关工作。拟订行政执法相关政策标准和稽查办案的措施办法并组织实施,指导、监督全省药品、医疗器械和化妆品行政执法工作,组织协调、督查督办有全省性影响或者跨区域的重大案件查处工作。承担药品安全监督管理相关评议考核工作。
(三)注册处(挂行政许可处牌子)。负责推进本系统职能转变和行政审批制度改革工作,组织编制系统内权责清单,推进政务服务标准化。承担行政许可(含注册)事项的受理、办理和组织协调工作,以及国家药监局委托审查的注册(备案)工作,承担药品、医疗器械广告内容的审查批准工作。拟订医疗机构制剂标准和中药饮片炮制规范并监督实施。监督实施医疗器械分类管理制度。实施中药品种保护制度。承担药品医疗器械审评审批制度改革工作。承担济南口岸药品进口通关备案工作。
(四)药品生产监督管理处。负责全省药品生产环节的监督管理。拟订药品生产、医疗机构制剂配制行政许可制度并监督实施。依职责监督实施药品生产质量管理规范,组织生产环节的现场检查,以及相关问题产品处置,指导市县相关工作。组织开展药品生产环节不良反应监测并依法处置。负责放射性药品、麻醉药品、毒性药品以及精神药品、药品类易制毒化学品监督管理工作。拟订全省药品质量抽查检验计划,定期发布质量公告。组织实施药品生产环节质量抽查检验。监督实施药品标准。
(五)药品市场监督管理处。拟订全省药品经营许可、互联网销售备案制度并监督实施。负责药品批发、零售连锁总部、互联网销售第三方平台监督管理,组织现场检查以及相关问题产品处置。依职责监督实施药品经营、使用质量管理规范。监督实施药品分类管理制度,配合实施国家基本药物制度。组织开展药品经营、使用环节不良反应监测并依法处置。组织实施药品经营、使用环节质量抽查检验。承担执业药师资格管理有关工作。指导市县药品经营、使用环节的现场检查以及相关问题产品处置。
(六)医疗器械监督管理处。负责全省医疗器械的监督管理。拟订医疗器械生产经营行政许可制度并监督实施。依职责监督实施医疗器械生产质量管理规范,指导实施经营、使用质量管理规范。依职责组织生产环节的现场检查,指导经营、使用环节的现场检查,组织指导相关问题产品处置组织开展不良事件监测并依法处置。组织实施医疗器械质量抽查检验,定期发布质量公告。监督实施医疗器械标准。
(七)化妆品监督管理处。负责全省化妆品的监督管理。拟订化妆品生产行政许可制度并监督实施。监督实施化妆品生产质量管理规范,指导实施经营质量管理规范。依职责组织生产环节的现场检查,指导经营环节的现场检查,组织指导相关问题产品处置。组织开展化妆品不良反应监测并依法处置。组织实施化妆品质量抽查检验,定期发布质量公告监督实施化妆品标准和分类管理制度。
(八)规划财务和科技处。拟订全省药品安全规划和专项规划并组织实施,推动监督管理体系建设。贯彻实施国家药品、医疗器械和化妆品审评、检查、检验、监测的科学工具和方法。拟订全省鼓励药品、医疗器械和化妆品新技术新产品的管理与服务政策以及质量安全科技发展政策,并组织实施。组织实施药品、医疗器械和化妆品监督管理科技项目。推动检验检测体系、追溯体系和信息化建设有关工作。监督实施实验室建设标准和管理规范、检验检测机构资质认定条件和检验规范。负责局机关财务、国有资产管理工作指导局直属单位财务、国有资产管理工作,承担药品、医疗器械和化妆品相关专项经费的管理工作。
(九)执法监察局。承担药品、医疗器械和化妆品监管具体行政执法任务。
二、派出机构：
山东省药品监督管理局区域检查第一至六分局承担所辖区域内药品、医疗器械、化妆品生产环节的现场检查、复查工作，查处相关违法行为；承担区域内药品批发、零售连锁总部、互联网销售第三方平台的现场检查、复查工作，查处相关违法行为；完成山东省药品监督管理局交办的其他工作。
（一）山东省药品监督管理局区域检查第一分局
驻地：济南。监管区域：济南、泰安、德州、聊城。
（二）山东省药品监督管理局区域检查第二分局
驻地：青岛。监管区域：青岛、潍坊。
（三）山东省药品监督管理局区域检查第三分局
驻地：淄博。监管区域：淄博、东营、滨州。
（四）山东省药品监督管理局区域检查第四分局
驻地：烟台。监管区域：烟台、威海。
（五）山东省药品监督管理局区域检查第五分局
驻地：临沂。监管区域：临沂、枣庄、日照。
（六）山东省药品监督管理局区域检查第六分局
驻地：菏泽。监管区域：菏泽、济宁。