关于这次诉讼，要从PD-1的发现，本庶佑和小野制药的关系，美国生物技术公司Medarex与百时美施贵宝（BMS）的关系，以及BMS与默沙东（Merck）的关于Opdivo与Keytruda的专利之战说起。
事件发展时间线
1992年，本庶佑最早在淋巴细胞膜上发现了一种免疫球蛋白受体，当时认为与细胞程序性死亡有关，故命名为PD-1，1994年本庶佑找到人类的PD-1基因和蛋白，并在1999年首先提出PD-1是一个免疫系统的负调控因子，随后本庶佑陆续发表了PD-1的免疫机制转导研究，并发现程序性死亡 T 细胞所表达的 PD-1 分子可用于癌症治疗。
本庶佑向一名前往京都大学的小野制药研究员建议，合作开发抗癌药物，而小野制药彼时也正急需突破，因此双方共同展开了合作。
2001年6月左右，本庶佑与小野制药一起提交了一项国际专利：substance specific to human PD-1，在这个专利保护下，任何物质，只要特异性与人PD-1蛋白结合，就侵犯了本庶佑和小野制药的专利。
2003年7月，本庶佑与“小野药品工业”按照1比1的分配比例申请了专利。
2005年5月，本庶佑、小野制药和Medarex宣布达成合作协议，小野制药获得PD-1抗体除北美以外的全球权益，而Medarex保留PD-1抗体在北美的商业权益。
2006年6月，本庶佑、小野制药和Medarex共同合作开发抗PD-L1和抗PD-1人用单株抗体中的一种抗PD-1单株抗体——Opdivo，向美国FDA递交研究性新药(IND)申请；并于同年开始针对复发及难治型实体肿瘤患者(非小细胞肺癌、大肠癌、黑色素瘤等)进行临床试验。
2006年10月本庶佑与小野制药签订了包含支付专利费的合同，然而支付给本庶佑的专利费却不足销售额的1%。
2009年，Medarex被BMS收购，Opdivo的临床试验、知识产权与后续开发权利由BMS所主导。至此，Opdivo的专利权包括小野制药和本庶佑，BMS则拥有此专利权的独占实施许可。
2014年6月，Opdivo在日本获得批准用于治疗黑色素瘤，成为全球第一个被批准的PD-1，而正受困于专利断崖及仿制药竞争小野制药迅速获得新的增长，当年春季，小野制药总市值达到约3万亿日元，在日本药品制造业中跃居第二。
2014年9月4日，默沙东PD-1单抗Keytruda获FDA批准。当夜，BMS向默沙东提起诉讼,称默沙东的Keytruda侵犯了BMS/小野制药关于PD-1抗体用于治疗癌症的系列专利。
随后，两家公司就这两款PD-1药物的专利权展开了长时间的拉锯战，期间，本庶佑前往美国出庭作证，并为诉讼提供了其他支持。
2017年1月20日，BMS/小野制药宣布和默沙东就PD-1单抗的专利诉讼签署了一项和解及全球专利许可协议：默沙东要向BMS/小野制药支付6.25亿美元的首付款，以及在2017-2023年间Keytruda销售额的6.5%，2024-2026年间Keytruda销售额的2.4%，BMS和小野将按75/25的比例分成。粗略估算默沙东总共将支付超过60亿美元（合6420亿日元）。
2019年4月，本庶佑在新闻发布会上表示要求与小野制药重新开展合同谈判。本庶佑及其律师称，拒绝接受小野制药约26亿日元的报价，2006年签署协议时，小野制药对本庶佑的报酬没有给予充分的解释，本庶佑仅能从该药的销售和许可收入中获得不到1%的份额，这不能反映出其所做的贡献。律师表示合理的水平是5%到10%。同时，本庶佑表示希望与小野制药公司直接谈判，避免诉讼程序。
3年无果的谈判之后——诉讼
2020年6月，本庶佑宣布，将对小野制药公司提起诉讼。
本庶佑表示，当年小野制药在与他签订赔偿协议时，因为没有预料到本庶佑在专利案中的作用，所以小野制药承诺会向他支付默沙东提供和解金的40%，且无论和解金最终是多少，但之后，小野制药又表示，只会向他支付1%的报酬；而持续到目前，小野制药还未向他支付任何款项。
在与小野制药进行了3年无果的谈判之后，他决定将此事提交法庭。该诉讼将于6月中旬在大阪地方法院提起。
当年本庶佑想为其PD-1研究成果申请专利，但包括京都大学在内的日本高校“没有任何管理或申请专利的能力，甚至无法支付专利申请的费用”，于是本庶佑转向了小野制药，“我和小野制药没有在科学研究方面有过任何的合作，但是他们帮我申请到了专利”，本庶佑表示，日本企业仍在从科学家的研究成果中获益，“我们认为这一诉讼不仅针对我自己的情况，而且还支持学术界的许多其他科学家。”
此前，本庶佑已承诺将他在和解中得到的一部分赔偿金捐赠给京都大学，以建立一拥有1000亿日元资金的基金会，支持年轻的研究人员。