鼓励药店参与集采的同时，医保部门还通过“医保支付标准”来规范药店的经营行为。近日，浙江省医保局就下发《浙江省提升药品集中采购平台功能推进医保药品支付标准全覆盖改革方案》。该方案对完善医保药品支付标准制度体系进行了明确，并指出：“定点公立医疗机构与民营医疗机构医保药品执行相同的支付标准。定点零售药店医保药品支付标准统一按医疗机构支付标准上浮15%（不含国家和省谈判药品）执行，上浮额以最小包装计最高不超过200元。”据了解，在浙江省之前，新疆、云南、江苏太仓等地，也都对医保定点药店提出了“最高加价15%”的限价标准。
为何这些地方都不约而同地对医保定点药店提出“最高加价15%”的限价标准？而不是10%或者20%？刘明睿表示，15%的加价比例的出处是医院药品加成率固定在15%。国家发改委2006年发布的《关于进一步整顿药品和医疗服务市场价格秩序的意见》曾提出，“县及县以上医疗机构销售药品，以实际购进价为基础，顺加不超过15%的加价率作价，在加价率基础上的加成收入为药品加成”，因此，药店最高加价15%有一定的政策依据。对于药店而言，毕竟是经营性质，所以加价过低会导致利润减少，加价过高又可能导致患者无法接受院外价格。因此，定在15%以内是相对比较合理的。
华健大药店相关店长则指出，如果是集采品种让药店加价15%，药店还是能接受的，但如果对所有的医保药品采取加价15%的标准，是很不现实的，因为目前药店的经营成本是很高的，人工费和租金价格飙涨，一般都要占到销售额的32%-38%，加价15%企业还如何生存，所以这一点不切实际。
值得注意的是，虽然加价率都限定在15%，但各地具体执行并不完全一样，主要表现在医保药品的基准价格上。新疆和云南是在中选价格基础上，药店加价不能超过15%。而浙江省是在“确定的医疗机构支付标准基础上上浮15%”（不含国家和省谈判药品）执行，上浮额以最小包装计最高不超过200元。刘明睿认为，对药店来说，这两种不同的限价基准本质略有不同。新疆、云南模式规定中选价格加价15%，实际上是限制，药店只能多赚患者15%的钱；而浙江模式规定药店医保支付价提升15%，意味着医保基金多支付给药店15%作为保底，同时药店仍然可以通过市场行为获取额外利润。对比来看，浙江模式对药店来说相对宽松。
对于加价率限定在15%对药店的影响，诸多药店经营人士表示，如果利润不足以支付各种费用，那么很多药店将无法生存，要么选择退出医保而失去这一块大“蛋糕”，要么接受而导致亏损，总之进退都很难，希望政策制定者能从实际出发。
事实上，早在“4+7”城市带量采购扩围时，国家医保局就提及，“医保定点零售药店参与此次采购的，可允许其在中选价格基础上适当加价，超出支付标准的部分由患者自付，支付标准以下部分由医保按规定报销。”由此看来，药店最高加价15%的限价标准，或将成为全国统一的限价标准。刘明睿从各省份发布的文件综合分析说，全国各地对定点药店的加价率有0%、15%两个版本，单就比例来说，15%是目前较为统一的标准，但具体是中选价加价还是医保支付价加价，仍有待商讨。
此外，带量采购之初，行业就十分担心，如果定点药店与医疗机构实施统一的医保支付标准，考虑到药店自主经营的成本和费用问题，大部分医保药品就会出现价格倒挂，导致大范围亏损。因此，业内人士认为，与“平进平出”相比，现在能给予医保定点药店15%的加价率，已是不幸中的万幸。
对此部门观点较为认同。他说，从数据上看，经营情况较透明的四大上市连锁药店，2019年报显示毛利率基本在38%左右。而药品进入集采后价格大幅度降低，留给药店的利润肯定比以前少很多，此时给出医保支付标准15%的上浮，也正是考虑到这一点。
虽然部门专业人士也认同此观点，但同时指出，药店的价格比医疗机构高，会导致客流减少，也不利于满足老百姓的用药需求。特别是慢性病用药，老百姓宁可去医疗机构买，就算药店加价15%，其实也无法解决门店成本问题。为了提高竞争力，那就只能不去加价或加少一点，这样一来，药店的利润就更少了。